Визовый центр Эстонии прекратил свою работу в Ивангороде, расположенном в приграничной зоне. 27 октября 2025 года был указан как дата окончания его деятельности.

Согласно информации, размещенной на веб-сайте VFS Global, компании, осуществляющей визовые услуги для Эстонии в России, на территории Российской Федерации функционируют 11 визовых центров, расположенных в следующих городах: Москва, Санкт-Петербург, Архангельск, Воронеж, Екатеринбург, Иркутск, Казань, Калининград, Красноярск, Мурманск и Сочи.

С весны 2022 года Эстония приостановила выдачу туристических виз гражданам России, а с 31 марта 2025 года прекратит прием небиометрических российских паспортов.