В связи с реализацией плана «Ковер» была приостановлена работа аэропортов столичного авиаузла ночь с 27 на 28 мая привела к серьезным корректировкам в расписании. Часть летевших в столицу бортов перенаправляли на запасные аэродромы.
В аэропорту Домодедово задержки рейсов могут составлять до 11 часов. Наиболее значительная задержка зафиксирована у «Уральских авиалиний» по направлению Ош. Рейс EgyptAir из Хургады был перенаправлен в аэропорт Шереметьево. «Уральские авиалинии» и AZAL столкнулись с отменами нескольких вылетов.
В аэропорту Внуково задерживается значительное число туристических рейсов авиакомпаний Turkish Airlines, Pegasus, flydubai, Red Sea Airlines, Ajet. Турецкий авиаперевозчик Turkish Airlines отменил четыре вылета: в Бодрум (рейс ТК3127), в Даламан (рейс ТК3105), а также в Стамбул (рейсы ТК6920 и ТК420). До закрытия аэропорта Шереметьево часть рейсов также перенаправлялась из Внуково в этот аэропорт, в том числе самолет AZUR air, следовавший из Антальи.
Рейс авиакомпании flydubai, следовавший из ОАЭ, был перенаправлен в Нижний Новгород. Самолет Utair, выполнявший рейс из Еревана, направился в Саратов. Некоторые воздушные суда Pegasus были направлены в аэропорт Пулково, такое распоряжение, например, было дано командирам. А борт авиакомпании Nesma Airlines, вылетевший из Шарм-эль-Шейха, совершил посадку в Калининграде.
Согласно информации на табло аэропорта Шереметьево, «Аэрофлот» отменил десятки рейсов внутри страны с вылетом до 11:00. Международные рейсы выполняются по расписанию. Задержки вылетов достигают шести часов. Пассажиры Corendon Airlines отправятся в Анталью на шесть часов позже запланированного времени.
Утром авиарейсы, направлявшиеся в Шереметьево, были перенаправлены в другие регионы. Например, самолет Air Cairo, следовавший из Шарм-эль-Шейха, совершил посадку в Самаре. Рейс Royal Air Maroc из Касабланки был направлен в Пулково. Авиарейсы из Ташкента, Омска и Барнаула приземлились в Казани.
московские аэропорты большую часть ночи не принимали и не отправляли рейсы.